秦淮区因秦淮河贯穿全境而得名。秦淮河古称淮水，据说秦始皇时凿通方山引淮水，横贯城中，故名秦淮河。秦淮河，发源于苏南低山丘陵，自古便为长江的自然支流，全长110公里。 民国22年（1933年）3月，国民政府将时南京市第三区范围划分为“钟阜路（今中华路）以东，东冶路以西，青溪故道以南，长乐路以北”，是以夫子庙为主的商业中心区；将第四区范围划为“南钟阜路以西，长乐路、秦淮河、水西门以南、雨花台以北沿城向西”，即通常称“门西”一带的居民稠密区。合并前的秦淮区境大部分在时第三、四两区范围内。解放初，南京市各区基本沿袭原区境范围。1950年6月重新划区，建立新第三区，区境以原第四区为基础，增加旧第三区之大部分及第十一区一部分。1955年8月，新第三区更名为“秦淮区”。1960年4月26日，秦淮区人民委员会改称秦淮人民公社。1962年11月恢复秦淮区人民委员会名称。1966年8月秦淮区改称遵义区（《南京简志》记为1967年3月），1973年12月恢复秦淮区原名至今。2013年2月，撤销原秦淮区、原白下区，以原两区所辖区域设立新的秦淮区。 秦淮河是南京古老文明的摇篮，南京的母亲河，历史上极富盛名。这里素为“六朝烟月之区，金粉荟萃之所”，更兼十代繁华之地，“衣冠文物，盛于江南；文采风流，甲于海内”，被称为“中国第一历史文化名河”。南京夫子庙是供奉和祭祀我国古代著名的大思想家、教育家孔子的庙宇，其全称是“大成至圣先师文宣王庙”，简称“文庙”。孔子自古被人们尊称“孔夫子”，故其庙宇俗称“夫子庙”。乌衣巷，在三国时是吴国戍守石头城的部队营房所在地。当时军事都穿黑色制服，故以“乌衣”为巷名。东晋初，大臣王导住在这里，后来变成为王、谢等豪门大族的住宅区。到了中唐，诗人刘禹锡已有“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家“的感叹，足见王谢旧居早已荡然无存。蒋百万故居位于城南三条营18、20号。99间半房屋，原有两个院落，有轿厅、大厅、楼房，内有花园，外有封火墙。房主蒋寿山，号称蒋百万。《天京录》有所记载。现外墙面东有石碑一块，光绪元年四月立，内容为有关官沟事。李香君故居位于来燕桥东、秦淮南岸，是一座古色古香的民居式河厅、河房建筑，又称媚香楼。明清以来，秦淮河畔的名媛声妓众多，尤以“秦淮八艳”名气最大，她们均为卓尔不群的才貌双全女子，颇有民族气节。这其中更以李香君最具胆识。