子午流注纳甲法传说早在南北朝即已产生。金时何若愚《子午流注针经》为现存最早之子午流注专著，提出了按时日循经取穴之原则：'十二经络各至本时，皆有虚实邪正之气，注于所括之穴。所谓得时谓之开，失时谓之合，气开当补泻，气闭忌针剌。”该书列出《针经井荥歌诀》等，对纳甲取穴有详细说明。

明代徐凤著《针灸大全》，对何若愚氏之说明有所归纳与发展，徐氏《论子午流注之法》云：'夫子午流注者，刚柔相配，阴阳相合，气血循环，时穴开阁也。何以子午言之？曰：子时一刻，乃一阳之生，至午时一刻，乃一阴之生。故以子午分之而得乎中也。流者，往也；注者，住也。”他说明子午流注之原理为：'天干有十，经有十二：甲胆、乙肝、丙小肠、丁心、戊胃、己脾、庚大肠、辛肺、壬膀胱、癸肾，余两经三焦、包络也。三焦乃阳气之父，包络乃阴血之母，以二经虽寄于壬癸，亦分源于十干。每经之中，有井、荥、俞、经、合，以配金、水、木、火、土……阳经有原，遇俞穴并过之，阴经无原，以俞穴代之。”对流注取穴指出：'人每日一身周流六十六穴，每时周流五穴。相生相合者为开，则剌之。相克者为阎，则不剌。阳生阴死，阴生阳死，凡值生我、我生乃相合者，乃气血生旺之时，故可辨虚实刺之。克我、我克乃阇闭之时，气血正值衰绝，非气行未至，则气行已过，误剌妄引邪气，其害非小。”

血气应时而至为盛，血气过时而去为衰，逢时而开，过时为阖，泄则乘其盛，即经所谓刺实者刺其来。补者随其去，即经所谓刺虚者刺其去，刺其来迎而夺之，刺其去随而济之，按照这个原则取穴，以取其更好的疗效，这就叫子午流注法。

开穴原则是：实则泻其子，虚则补其母。实则泻其子就是在气血流注本经的时辰，本经气血最盛，实证取子穴用泻法，可以祛其邪气而不伤正；虚则补其母，就是在气血始流过本经的时辰，本经气血最虚，取母穴用补法，可以扶正补虚而气血不致郁滞。 纳干法又称纳甲法，是依据“年周期”，随每日值日经的甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十个天干开穴。

先按日时天干开“值日经”的井穴；按阳日阳时阳经开穴、阴日阴时阴经开穴；按木、火、土、金、水五行的“经生经”，井、荥、输、经、合的“穴生穴”规律开穴；逢输过原，又称返本还原，即开“值日经”本经之原穴，阴经原穴以输穴代之；日干重见时纳穴，阳经气纳三焦按他生我的规律开穴，阴经血归包络按我生他的规律开穴。

具体方法是：

①取穴原则。阳日（日天干属阳），阳时（日天干属阳）取阳经穴；阴日（日天干属阴），阴时（日天干属阴）取阴经穴。

②合日互用。甲与己、乙与庚、丙与辛、丁与壬、戊与癸互为合日，在合日间可以互相应用相应时辰的开穴。

“纳甲法”治病理论是根据阴阳对立统一规律建立的。子午是指时辰，流是流动，注是灌注，子午流注理论是把一天24小时分为十二个时辰，对应十二地支，与人体十二脏腑的气血运行及五腧穴的开合进行结合，在一日十二时辰之中人体气血首尾相衔的循环流注，盛衰开合有时间节奏、时相特性。