清朝云南省有府十四，曰：云南、大理、临安、楚雄、澂江、广南、顺宁、曲靖、普洱、永昌、开化、东川、昭通、丽江；直隶州三，曰：广西州、武定州、元江州；直隶厅六：永北、镇沅、蒙化、景东、镇边、永宁。总领散州二十六、县四十、厅十二。另有土府一、土州二、宣慰司一、宣抚司四、副宣抚司二、安抚司三、长官司三。

云南府（领州四、县七）
领州四：嵩明州、晋宁州、安宁州、昆阳州；领县七：昆明、富民、宜良、呈贡、罗次、禄丰、易门。

大理府（领州四、县三）
领州四：赵州、邓川州、宾川州、云龙州；领县三：太和、云南、浪穹。

临安府（领州三、县五）
领州三：石屏州、阿迷州、宁州；领县五：建水、通海、河西、嶍峨、蒙自。

楚雄府（领州三、县四）
领州三：南安州、镇南州、姚州；领县四：楚雄、定远、广通、大姚。

澂江府（领州二、县二）
领州二：新兴州、路南州；领县二：河阳、江川。

广南府（领县一、厅一）
领县一：宝宁县；领厅一：富州厅。

顺宁府（领州一、县一、厅一）
领州一：云州；领县一：顺宁；领厅一：缅宁厅。

曲靖府（领州六、县二）
领州六：霑益州、陆凉州、罗平州、马龙州、寻甸州、宣威州；领县二：南宁、平彝。

普洱府（领县一、厅三）
领县一：宁洱、领厅三：思茅厅、威远厅、他郎厅。

永昌府（领县二、厅二）
领县二：保山、永平；厅二：腾越厅、龙陵厅。

开化府（领县一）
领县一：文山县。

东川府（领县一、厅一）
领县一：会泽；领厅一：巧家厅。

昭通府（领州一、县二、厅二）
领州一：镇雄州（光绪三十四年升直隶州）；县二：恩安、永善；领厅二：大关厅、鲁甸厅。

丽江府（领州二、县一、厅二）
领州二：鹤庆州、剑川州；领县一：丽江；领厅二：维西厅、中甸厅。

直隶广西州（领县三）
领县三：师宗、弥勒、丘北。

直隶武定州（领县二）
领县二：禄劝、元谋。

直隶元江州（领县一）
领县一：新平。

直隶永北厅（领县一）
领县一：华坪。

直隶镇沅厅（未领县）
未领县

直隶蒙化厅（未领县）
未领县

直隶景东厅（未领县）
未领县

直隶镇边厅（未领县）
未领县

直隶永宁厅（未领县）
未领县

土府一：
孟定。

土州二：
湾甸、镇康。

宣慰司一：
车里。

宣抚司四：
耿马、陇川、干崖、南甸。

副宣抚司二：
遮放、盏达。

安抚司三：
潞江、芒市、勐卯。

长官司三：
纳楼茶甸、亏容甸、十二关。