根据检察监督原则，对人民法院已经发生法律效力的判决、裁定，依据法定的事实和理由实行监督的方式是_____。

A、由人民代表提出质询

B、由上级人民法院宣布无效

C、由审判委员会宣布无效

D、由人民检察院提出抗诉

答案：D

解析：根据审判监督程序的规定，人民检察院对人民法院已经发生法律效力的判决、裁定，如果认为有错误，应当提出抗诉，启动再审程序，并派员出席再审法庭。故本题答案选D。