明朝弘治年间从溧水县分出置高淳县，县治为淳溪镇，属应天府。县因高淳古镇而得名。高淳镇即今淳溪镇。清，改明应天府为江宁府，高淳属之。清同治三年（1864年），陷天京，高淳复属江宁府。
1953年1月，撤销苏南行政区，成立江苏省，高淳县属江苏省镇江专区；1958年改为常州专区，高淳属之。1959年，改为镇江专区，高淳县属镇江专区。1983年3月1日，实行市管县体制，高淳县由镇江专区划回南京市管辖。2013年2月，撤销高淳县，设立南京市高淳区，以原高淳县的行政区域为南京市高淳区的行政区域。高淳区被誉为"江南圣地"，素有"日出斗金、日落斗银"的江南鱼米之乡的美誉，坐拥先天的山湖资源，具有吴越江南典型的生态特征。高淳是江苏省商贸十强县(市)、建筑强县、中国建筑之乡，造船水运业享有"中华民间造船水运第一县"的美称，以造船水运业著称的武家嘴村则被誉为"中国民间造船水运第一村"。