六合古称棠邑，隋开皇4年（584年），因境内有定山（此山后改名六合山），定山有六峰，即寒山峰、邓子峰、石人峰、芙蓉峰、妙高峰、双鸡峰，因六峰是环河的，因此改名为六合县。 2002年4月3日，撤销南京市大厂区和六合县，设立南京市六合区，以原大厂区和原六合县的行政区域为六合区的行政区域。 六合区是江苏省南京市的北大门，素有“京畿之屏障、冀鲁之通道、军事之要地、江北之巨镇”之称。是“天赐国宝、中华一绝”雨花石的故乡，中国民歌《茉莉花》的发源地。