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一、阴阳的两个层面内经云，阴阳者， 天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。治病必求于本。阴阳有两个层面，一者以内为阴，以外为阳，此内外阴阳。内经云，内者为阴，外者为阳，阳化气，阴成形。一个物体分为内外两部，凡在内者为阴，在外者为阳。如地球在内，而天包地外，以地为阴，天为阳。老子曰，万物负阴而抱阳。负者，持也。如言负屈衔冤，久负盛名之负，为人所持有。抱者，环也，如言环抱之抱。负阴而抱阳者，阴持于内，阳环以外也。如天之包地。阴阳二部相互流动，如气腾于天，雨降于地。阴在内则阳化而上于阳部，阳在外则阴成而降于阴部，气机流转。内外者，阴阳静态之分部也，阳化阴成者，阴阳动态之转化也。此为阴阳第一义。二者，以形为阴，以气为阳。形者质也，气者动也。以物质为阴，流通为阳。以形为体，以气为用，此体用阴阳。万物有体有用，如哲学说，没有不运动的物质，亦没有脱离物质的运动。人体以气血津液为用，气血津液其质皆为阴，其流通则为阳。内经云，气伤痛，形伤肿。形伤，为物质之伤，物质聚而不动，故肿。气伤，为通路之伤，通路不通，故痛。气伤而形伤，形伤而气伤，气形相互影响，故先肿而后亦痛，先痛而后亦肿者。此阴阳第二义。
二、阴阳与五行阴阳以内者为阴，外者为阳。内经言，阴者藏精而起亟也，阳者卫外而为固也。所谓阴者，在内，一主藏精，一主起亟。藏精就是把精气藏于体内，是阴之凝聚。起亟就是把精气调动起来，是阴之阳化。人体一方面要藏精，这是厚积，另一方面还要起亟，就是把精气释放出来供人体所用。阳呢，在外，一主卫外，一主为固。卫外就是人体向外做功，是阳之功用，为固就是使阳部的物质不外散，再向内藏于阴部，是阳之阴成。以经济学来举例，藏精就是把钱存起来，存在保险箱里。起亟就是把钱拿出来用。卫外就是人出去工作赚钱，为固就是把赚到的钱再拿回来存在保险箱里。五行来自阴阳，以木主生，火主长，金主收，肾主藏，脾主化。我们把阴藏精的功能便命名为水，水主藏精。把阴起亟的过程便命名为木，木主生发。把阳卫外，也就是阳气做功的过程便命名为火，火主长养。把阳为固的过程便命名为金，金主收敛。而把所有生长收藏协调的过程便命名为土，土主运化。凡是水，都是藏起来，留给下一代的，是为了种族的延续，凡是火，都是自己本身的能量的释放，是为了生长自己，让自己能够有力量。在人体来说，则木主生发的功能就在于肝，火主长养的功能就在于心，金主收敛的功能在于肺，水主闭藏的功能就在于肾，土主运化的功能就在于脾。这其中，心和肾处于上下两极，一个是自己的功能，一个是后代的延续。肝和肺，处于左右，一个主的升发，一个主的是收敛，脾呢，在中间，主统一的运化。人体五藏运转正常，则就能保证生命的继续。内经中还有一句话叫阴在内，阳之守也，阳在外，阴之主也。阴在内部，主导着藏精起亟的过程，而由阳在外为之守护，阳在外负责工作赚钱，同时守护精气不会外散，而由阴为之主导。所以内经中又说，阴为之主，阳予之正。内经中说，人生有形，不离阴阳。五行表现的就是人体阴阳流转的过程。
三、阴阳与六经五行讲的是阴阳第一义，六经讲的则是阴阳第二义。在方书之祖伤寒论中，仲圣把人体所有的疾病分为六种，也就是六经病：太阳病、阳明病、少阳病、太阴病、少阴病、厥阴病。人体所有的疾病都不超过这六种范围，其中也包括杂病。六经分为三阴三阳。我们把人体中流通的物质，气血津液精神，分为三组，其中气血为少阴，津液为太阴，精神为厥阴。这是人体中流淌的有形的物质。而把物质流通的通道称为阳，从表到里，表为太阳，里为阳明，表里之间则为少阳。人体有头面、躯干、四肢，内有五脏六腑，外有皮脉筋骨肉，这些是人身的形体。为什么仲圣治病不去分人身的形体，而只把人身中流通的物质称为阴呢？因为我们是无法直接针对人身的形体去治病的。比如说肉，我们不能直接拿一块肉去补到人体身上。骨头也是一样的道理，一个人骨折了，我们并不能直接拿骨头去给他接起来，还是要通过养气血的方式，去让他的骨头自己愈合。外面皮的伤口也是一样，五脏也是一样，我们无法直接拿一块肝去补到我们的肝上，所有人身的这些形体都是要靠我们体内流通的物质，气血津液，自己去滋养。这就是伤寒治病为什么只看物质和流通，而不直接针对形体的原因。治病是以活人为要，一个人是胖是瘦，是高是矮，形体大小，这些都不重要，而一个人要活，就在于体内物质的流通。通则活，不通则人死。气血津液精神充足则人康健，不足则人衰弱。三阴，以津液为太阴，津液不行则为痰饮，以气血为少阴，气血不行则为瘀血，以精神为厥阴，精气不行则为癌肿，此为百病之源。三阳，以表为太阳，为人身皮肤，太阳不通则病在表。以里为阳明，为人体从口腔到胃肠再到谷道的内部通道，阳明不通则病在里。以表里之间为少阳，为人体从内部通道到外面皮肤的三焦管道，少阳不通则病在半表半里。表，所受在天，里，所受在地，表里之间则病在传变。六经阴阳，阳，指的是人体的通路，起到功能的作用。阴，指的是人体内部流通的物质，起到滋养的作用。人体三阳不病，则说明人体从内到外道路通畅。人体阴之不病，则说明津血真气不虚。阳病则治之在阳，阴病则治之在阴。人体运行只有物质和通路这两个方面，而这两个方面又是相互成就，相辅相成的。物质需要有通路才能流转，而通路同时也需要物质来滋养。两者一为体，一为用，体用相成。人体运行是这两个方面，人体病也是病在在两个方面，所以六经可以统治所有的疾病。内经云，别于阳者，知病处也，别于阴者，知死生之期。别于阳，则知是表是里，故曰知病所处。别于阴，则知气血津液之虚实，故曰知死生之期。
四、人体的两个模型现在中医治病，一则为六经辨证，一则为脏腑辨证。脏腑辨证即为五行。人体一纵一横，一静一动，静则为静态的划分，将人体划分为表、里、半表半里、气血、津液、精神，六大块，即为六经。动就是动态的流通，将人体活动划分生长化收藏，五个过程，即为五行。故人体有两大模型，一为六经的模型，一为五脏的模型。我们分析人体是用这两个模型，我们治病也同样是用这两个模型。六经是横分，五脏是纵分，六经讲的是表里的循环，五脏讲的是升降的循环。六经表里循环主要是出入，五脏上下循环主要是升降，升降之中有出入，出入之中也有升降。而人之所以能够活着，就在其内部气机的流转，及其与外部气机的沟通。任何一个生命都有其体内生长化收藏的过程，也即都有五行，任何一个生命体都有表有里，有体内物质的流转，也即都有六经。五行、六经皆从阴阳中来，而阴阳是一切的起点。故内经中说，上古真人，法于阴阳，和于术数。谨熟阴阳，无与众谋。